急救加護
急診科全年無休，24小時提供周邊醫院之急重症轉診及民眾就醫之需求，醫師陣容堅強，並以視病猶親的態度提供服務。遇有重症創傷病患，隨時可在極短的時間內啟動創傷團隊；遇有急性冠心症病患，有堅強的心臟專科團隊可以施行心導管手術。另外有耳鼻喉科、婦產科、眼科、神經內科、精神科等可供急診之緊急照會。
創傷醫學
創傷醫學包括各種外傷（包括頭頸、顏面、胸腹部、骨盆、四肢、脊椎、燒燙傷等的各類外傷）的初步處理、評估、急救、手術、加護照護以及後續的復健治療，並藉由外傷流行病學及外傷研究，找出外傷防治的方法與策略，是為完整的創傷醫療。
心臟血管
設立心臟生理功能室、心導室、冠狀動脈加護病房、提供心臟電氣生理學檢查及血管成形術，並為心臟血管研究中心奠定良好的基礎。並推展開心手術，期盼未來成為全國署立醫院心臟醫學訓練中心，為民眾提供最佳服務。
器官移植
推廣器官移植觀念，協助病患發揮高度愛心，捐贈器官遺愛人間，例如角膜移植、腎臟移植等，提供他人治癒或康復之機會。
腎臟治療中心
擁有先進之醫療設備及舒適的洗腎環境，並提供充份之換腎機會。
脊椎外傷
脊椎是人體骨骼中最脆弱的一環，一旦脊椎受損若未能即時處置，將造成嚴重的後遺症。如何緊急開刀及發展生物力學的醫材研究。
腦血管病變
腦血管疾病嚴重威脅國人的生命，已成為第二位超級殺手。所以有效的醫護是分秒必爭，而且必須是持續性的治療行為，不論從急診室到加護病房
各階段的治療成效都關係著腦中風的預防及康復。
新生兒科
應絕對尊重生命的價值及人性的尊嚴，動員最有默契的急救小組，效率最高的急救措施，最精密的儀器設備，全力搶救他直到恢復正常為止。
胸腔醫學
心肺器官的健全是生命復甦的基礎。胸腔醫學之發展有生理學研究，臨床診斷，呼吸治療，內視鏡之診治及胸腔外科手術之應用都是成功的加護醫學中，不可或缺的要件。
職業病防治
為了捍衛民眾的健康，協助公司或工廠做好健康管理與職業病防治及治療，包括有致命的有機溶劑中毒以及新興的人因工程問題、職業壓力等職業危害事件。
一般專科
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 復健科 ：醫師及治療師合作無間，均衡發展全方位復健醫療。
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耳鼻喉科：積極發展內視鏡特殊治療。
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牙科 ：擁有全國署立醫院空間最寬敞，設備最完善之門診。
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眼科 ：推動角膜移植，並擁有技術精湛醫師群。
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皮膚科 ：發展皮膚美容及特殊治療，績效良好。
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精神科 ：推動全日急性住院、慢性日間留院，為大新竹區精神醫療服務最充份完整之
醫院。
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中醫科 ：結合中西醫診治精華，即採用現代西醫精確的診斷，結合傳統中醫藥傳統
治療之優勢，針對患者體質的差異加以處方，因此用藥精確，療效顯著。
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整型外科：本院提供斷肢斷掌吻合術。有燒燙傷加護病房，提供相關之重症加護醫療。
有專業醫療美容中心，提供愛美人士最完善、安全的醫療服務。
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