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本院內科部以次專科為醫療導向，分為心臟血管、胸腔、腸胃肝膽、腎臟、代謝內分泌科、血液腫瘤、感染、風濕免疫科等，陣容堅強完整，可提供病人全方位之次專科檢查及治療，同時有胸腔與心臟之重症加護專科主治醫師負責內科加護病房(MICU)、呼吸照護中心(RCC)、心臟加護病房(CCU)之醫療與教學工作。同時成立專責主治醫師照護病房，負責需要多專科醫師共同診治的病人照顧。
醫師陣容方面有院長、主任級醫師、及主治醫師約80名；其中心臟血管、腸胃、胸腔等具有侵襲性治療技術（例如:心導管檢查與支架置放、心律不整電燒術、節律器置放、食道及膽道支架植入、支氣管內試鏡超音波檢查與切片(EBUS)、經支氣管針刺切片(TBNA)、氣管內支架植入等）、皆有醫學中心的治療水準。胸腔內科設有呼吸治療小組（呼吸治療師18名）提供重症病人呼吸器的治療及訓練。
除一般疾病的診療（包括門診、住院）及急診照會外，本院有完善的心臟加護病房、內科加護病房、呼吸照護中心、配備齊全的心導管室及內科檢查室（各式超音波、心臟生理功能檢查、肺功能檢查及內視鏡檢查室），可為急重症病人提供醫學中心水準的加護照顧與檢查。另外，設置有設備完善之洗腎中心、腫瘤病房及安寧病房與化學治療室，可以提供尿毒症與癌症病患優質的醫療與照顧。
內科部醫療設備定期每年均編列預算來購置與更新。目的在於提供竹苗地區病人更優質的醫療服務及更有效率的醫療品質，同時強調尊重”病人自主”，”以病人為中心、的醫療理念來服務病人，讓在地的病人不必在舟車勞頓到北部就醫，也能得到更好的醫療效果與醫療品質。
本部多年來，一直致力於發展急重症及癌症相關的醫療服務，包括成立心血管醫學中心、急重症醫學中心、腫瘤醫學中心以及發展各項心導管技術、胸腔及腸胃道內視鏡技術等，最近本院也成立正子攝影檢查服務，整體提昇本部癌症的診斷及治療的能力， 同時積極參與各項新藥與醫材的研發與臨床試驗，希望未來成為竹苗地區最大與最佳的臨床試驗中心醫院。配合兩年後竹北生醫園區分院的開幕與營運，目前已經完成新竹台大分院三院整合後之內科部醫療人力與醫療設備的儲備規劃，希望能提供竹苗地區病人最佳的醫療服務品質，以及提供學生最佳的教學師資與學習環境，同時提供老師最佳的研究資源與設備，成為兼顧教學、服務、研究任務的最佳醫學中心。
