本院外科依次專科再細分為:一般外科（含肝膽腸胃外科）、大腸直腸外科、乳房外科、神經外科（含神經脊椎外科）、心臟血管外科（含週邊血管外科）、胸腔外科、小兒外科、整形外科暨美容中心、及創傷外科。本院外科積極提昇醫療專業水準，其中，開心手術及腎臟移植是新竹地區唯一醫院。內視鏡胸腹腔手術，也是外科努力的目標。本院內視鏡手術目前可進行肝膽、總膽管、腸胃探查、闌尾切除及大腸直腸、胸腔等手術，提供患者傷口小、復原快、疼痛輕等優點，且和傳統手術一樣療效的醫療服務。