臺大醫院新竹分院牙科部的前身是衛生署立新竹醫院牙科部，在民國九十四年因應門診需求量的提高，署立新竹醫院進行擴建，成立"竹樓"與"新樓"兩棟建築物，牙科部則座落在竹樓的三樓。

在署立新竹醫院時代，牙科部為提升竹苗地區的牙科診療服務品質，設立有牙科專業分科的醫療服務，包含牙周病科、口腔外科、兒童牙科、牙髓病科等等，提供當地居民完整且全面性之醫療項目，並且在牙科醫療人才培訓上提供住院醫師與實習牙醫師的培育，為本地培育具有醫療倫理與專業技術之年輕牙醫師。

在民國一百年正式更名為台大醫院新竹分院牙科部後，除延續傳統之專科治療概念，增加了美容牙科與矯正專科之醫療服務，並導入"家庭牙科"之社區牙醫學與全人醫療照護之概念，而牙科部人員的配置在民國109年達到12名專任主治醫師，牙科治療椅16台，為桃竹苗地區民眾提供全人照護的牙科醫療服務。