署立新竹醫院於2009年中通過癌症診療品質B級認證，至2010年初成立癌症中心，並於2011年7月改制成台大新竹分院，2013年9月由任務編組升級為一級單位「腫瘤醫學中心」。改制之初，人心惶惶問題叢生，不管是辦公場所的地理位置、相關人員的離職與銜接、醫院管理階層對癌症中心的定位不清楚，在在都成為有形、無形的困境。幸賴癌症中心全體同仁發揮忍耐到底、犧牲小我、顧全大局的精神，歷經數月，才逐步將各項業務導入正軌。完成銜接期後，癌症中心全體同仁與時間賽跑、以最大的努力與毅力，克服許多有形、無形的困境，終於在2012年7月【通過】癌症診療品質認證，為該年度14家參與評鑑的區域級醫院中，5家獲得【通過】的醫院之一。此一認證成績，為本院日後擬升格為竹苗地區的醫學中心，奠定了重要的基石。
 
配合國民健康署之要求，本院持續推動癌症預防篩檢，除了將特殊個案寫成新聞稿於媒體刊登，另外也自行設計衛教單張，希望以在地化的資料，鼓勵民眾參與篩檢。對於不易推動的戒檳班，篩檢小組推出動態性的戒檳課程，以提升民眾參與戒檳的意願。對於各項篩檢成果，由癌委會主席在全院性會議中向所有醫師做報告，提升醫師參與癌症篩檢之意願。本院持續推動癌症預防篩檢，不僅是強調數量的成長，更希望品質也能提升，特別是針對乳房攝影的ACR自我評量，篩檢小組成員提出具體的改善措施，目前已有明顯進步。
 
對於癌症登記，本院持續推動專業化，除了投入適當人力之外，還曾經聘請外部種籽師資到院指導，另外也至台大總院的癌登部門，進行各癌別的進階學習，以確保本院癌症登記的品質與數量，符合醫學中心的要求。目前已經與清華大學的統計所合作，將資料加以整理，將本院常見癌別的五年存活資料，回饋給多專科團隊的成員，以做為未來相關癌別修訂診療指引的參考依據。
 
本院目前有十一大癌症醫療團隊(頭頸癌、食道癌、胸腔癌、上消化道癌、乳癌、大腸直腸癌、肝癌、婦癌、泌尿道癌、血液腫瘤、兒癌)，每週召開會議，希望能提供最適當的治療計劃給每一位癌症病患。除此之外，本院也成立安寧共同照護團隊，同時結合本院多專科團隊、營養照護、門診化療、臨床試驗相關訊息及資源、個案管理師照護、癌症資源中心(營養諮詢、社工心理諮詢、社會福利資源)及癌症病友團體，提供全方位的癌症整合照護與社會資源連絡，以期達到最有效率的治療方式，並提高癌症病患的存活率及生活品質。    
 
本院的經驗獲得國民健康署長官的肯定，於2012年12月8日在台中舉辦的『2012年癌症診療品質提升計畫----癌症診療標竿學習研討會』中，應邀分享本院經驗。此外，經由診療個管師的努力，本院將容易混淆的『診療指引符合度』和『治療計畫遵從度』做出了非常清楚的定義，並依據定義修訂了各癌別的治療計畫書，為日後的癌症病歷審查，奠定下明確的基礎。
 
在化學治療的安全性方面，本院在2012年將住院、門診病患的化療開立系統全面資訊化之後，每月持續監測以減少人為錯誤，並提升化療安全。
 
癌症資源中心的業務穩定成長，未來希望能加強社會經濟資源的結合，並加深個案照護的深度及符合病人需求。在營養照護方面，持續提供專業的諮詢，對於特殊疾病的患者進行專案研究，期待未來能有學術發表。

2021年1月，腫瘤醫學中心修編為『腫瘤醫學部』，2月整併放射腫瘤科，持續提供高品質放射腫瘤治療與化學治療照護服務，提升癌症病人的治療效果與生活品質，讓桃竹苗地區民眾獲得更好品質的癌症照護。