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臺大醫院新竹分院牙科部的前身是衛生署立新竹醫院牙科部,在民國九十四年因應門診需求量的提高,署立新竹醫院進行擴建,成立"竹樓"與"新樓"兩棟建築物,牙科部則座落在竹樓的三樓。
在署立新竹醫院時代,牙科部為提升竹苗地區的牙科診療服務品質,設立有牙科專業分科的醫療服務,包含牙周病科、口腔外科、兒童牙科、牙髓病科等等,提供當地居民完整且全面性之醫療項目,並且在牙科醫療人才培訓上提供住院醫師與實習牙醫師的培育,為本地培育具有醫療倫理與專業技術之年輕牙醫師。
在民國一百年正式更名為台大醫院新竹分院牙科部後,除延續傳統之專科治療概念,增加了美容牙科與矯正專科之醫療服務,並導入"家庭牙科"之社區牙醫學與全人醫療照護之概念,而牙科部人員的配置在民國109年達到12名專任主治醫師,牙科治療椅16台,為桃竹苗地區民眾提供全人照護的牙科醫療服務。